新疆友协的前身是1973年10月24日成立的中国人民对外友好协会新疆分会，1986年3月6日改名为现在的名称。根据国务院办公厅1981年的通知精神和自治区编办2001年的批复精神，新疆友协按自治区群团组织对待，列入区级人民团体系列，与自治区外（侨）办合署办公，接受自治区外（侨）办领导。新疆友协名誉会长由自治区党委、政府的主要领导兼任，会长由外（侨）办主任兼任，另设专职副会长1名，秘书长1名。新疆友协下设办公室。

新疆友协自成立以来，特别是改革开放以来，在全国友协的指导下，在自治区党委、政府的正确领导下，在外（侨）办党组的直接领导和关怀下，友协全体同志认真履行职责，紧紧围绕为总体外交服务、为我区经济建设服务、为我区外事工作服务以及为自治区民间外交以及经济发展、社会进步事业作出了积极贡献。截止到2007年，我会已与20多个国家的40多个对华友好组织、社团建立了友好合作关系，接待了来自50多个国家的友好团组452批5126人次；组团出访115批1513人次；引进外资5亿多元，争取国际捐赠100多万元。

协会紧紧抓住建立和发展友好城市这一民间交往主线，迄今为止，我区已与国外省、州、市缔结友好关系18对，为我区城市与外国城市开展经贸、科技、文化、教育等领域的交流合作，搭起了一座座桥梁，为扩大我区对外交往发挥了重要作用。