新疆交通运输厅是自治区人民政府组成部门，共有12项职责，主要为：贯彻落实交通运输行业法律、法规、规章，起草有关地方性法规、政府规章草案和政策措施并监督实施；拟定公路、水路交通运输发展规划并监督实施；承担自治区道路、水路交通运输综合管理及其市场监管工作；指导地方海事工作；负责提出交通运输厅系统财政性资金安排意见并监督管理，协调交通建设资金的筹集；承担公路、水路建设市场监管工作，维护交通建设市场公平竞争秩序；负责国省道及管辖范围内专用公路的建设、养护、管理，依法保护公路路产路权；指导交通运输行业体制改革；负责交通运输行业安全生产的监督管理；制定交通运输行业科技政策，承担交通科技项目管理，组织重大交通科技项目攻关，指导交通运输行业信息化建设；监督指导交通运输综合行政执法工作；完成自治区党委、自治区人民政府交办的其他任务。