新疆克孜尔水库管理局于1998年7月成立，为隶属于自治区水利厅的正县级自收自支事业单位，实行企业化管理，负责克孜尔水库的运行管理。克孜尔水库位于阿克苏地区拜城县境内，是塔里木河水系渭干河流域上的一座以灌溉、防洪为主，兼有水力发电等综合效益的大型控制性水利枢纽工程，是目前新疆维吾尔自治区最大的水库，总库容6.4亿立方米。水库下游有库车、新和、沙雅三座县城，共70万人口，现有灌溉面积350多万亩，是自治区大型农业灌区和粮棉生产基地之一，并有塔里木油气田主产区、通讯光缆、314国道和南疆铁路等重要基础设施。因此，克孜尔水库的安全维系着下游各族人民生命安全，社会稳定和经济发展。
水库工程由主坝、副坝、泄洪排砂涵洞、开敞式溢洪道、发电引水涵洞及坝后式发电厂等部分组成。水库设计总库容6.4亿m3，兴利库容4.77亿m3，最大集水面积44Km2。水库洪水按千年一遇设计（5720m3/s），万年一遇效核（8160m3/s），大坝为粘土心墙砂砾壳坝，最大坝高44米，主坝长920.6米，副坝长1288米。电站装有4台单机容量为6500Kw的水轮发电机组，总装机容量2.6万Kw，设计年发电量为1.34亿千瓦时。
克孜尔水库是新疆第一座应用现代坝工技术修建的土石坝水利工程，位于地震多发区，主坝右肩存在规模较大的倾倒体，工程地质条件复杂，特别是在活动断层上筑坝在国内尚属首例。1958年开始勘测设计，经过二十五年的不断修改、补充和完善，于1984年进入施工前期准备，1985年10月主体工程正式开工，列为自治区“七五”计划重点工程。1990年9月实现截流，1991年8月下闸蓄水投入运行，同年10月第一台发电机组投入运行，至93年，第二、三、四台发电机组相继并网发电。水库工程于1995年全面竣工，1998年10月正式通过水利部主持的工程竣工验收工作。工程决算总投资3.85亿元。
克孜尔水库投入运行以来，最高蓄水位巳1148.41米，相应库容5.5763亿立方米(正常高水位1149.6米，库容6.07亿立方米)，截至2004年底向下游灌区累计供水392.32亿立方米，其中调蓄水量累计74.15亿立方米，为渭干河流域带来极大的经济效益、社会效益和生态效益，使渭干河径流得到控制，水资源得以充分利用。特别是在渭干河流域防洪减灾方面发挥了极其重要的作用，从根本上解决了下游三县的洪水灾害问题，灌区灌溉面积由建库前的166万亩，扩大到现在的350余万亩，下游防洪保护区的河道防洪标准由原来的4年一遇提高到百年一遇。自1991年以来，水库共拦蓄大于400m3/s的洪水21次。特别是2002年渭干河流域发生的“7.23”超百年一遇洪水，洪峰最大流量为3677m3／s，在40小时内，库水位上涨6.07米，坝前最高水位达1148.23米,与设计洪水位1148.57米仅差0.34米。在自治区党委、人民政府、防洪总指挥部及新疆水利厅的直接指挥下，克孜尔水库科学合理地调节了“7.23”超百年历史特大洪水，削峰率达72%，确保了水库大坝安全，确保了下游人民生命财产安全，确保了南疆交通、通讯、石油基地和电力设施的安全，充分发挥了水库工程的防洪效益。
根据1997年由新疆维吾尔自治区水利水电勘测设计研究院完成的《新疆克孜尔水库经济后评价》结果测算：克孜尔水库多年平均防洪效益为4474万元。渭干河流域发生“7.23”超百年历史特大洪水，如果没有克孜尔水库工程的调蓄，洪水将造成下游库车、新和、沙雅三县工农业及交通、通讯的直接经济损失达21.7亿元以上。直接减免下游防洪保护区的洪灾直接经济损失在34.98亿元以上。
克孜尔水库在安全监测方面不断加大科技投入，不断完善和改造观测设施，采取多种观测手段，密切监视大坝安全运行状况。目前克孜尔水库的自动化管理已具规模,先后建成了大坝原型观测系统、水库库区形变遥测系统、水库地震遥测系统、水库防洪调度系统、灌区地表水监测系统、闸门自动化启闭监控系统以及大坝数字自动化强震监测系统。
水库最大集水面积44平方公里，是世界上濒临灭迹的珍稀鱼种—扁吻鱼（俗名新疆大头鱼，国家一级保护动物）和尖嘴鱼（国家二类保护动物）的栖息地，扁吻鱼和尖嘴鱼群提供了良好的繁衍生息条件。
克孜尔水库作为目前新疆最大的水库，具有得天独厚的自然资源，水域广阔，工程建筑宏伟壮观，楼台亭参差有致，周围奇峰怪石嶙峋，又与闻名遐迩的中国四大佛教石窟之一的克孜尔千佛洞相毗邻，经水库多年的建设，优美的自然风光与独特的西域地理风貌有机地融合在一起。已成为人们休闲度假的好地方。
克孜尔水库管理局始终注重水库的科学管理、社会效益、经济效益的发挥，注重水库的建设和发展，在加强水库科学管理的同时，不断加强精神文明创建活动，2002年被自治区文明委命名为自治区级精神文明单位，2004年水库景区被评为全国水利风景区。艰苦创业、无私奉献、科学进取、严谨求实的氛围已在水库形成，克孜尔水库已成为西部一颗璀璨的明珠。
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